Cuando tenemos saltos de línea o retornos de carro que nos dificultan las lecturas de ficheros de texto, podemos leer carácter a carácter con SAS y eliminar esos caracteres incómodos.

data _null_;
    length char $1.;
    infile 'C:\fichero_de_entrada.TXT' lrecl=1 recfm=F missover dsd;
    file 'C:\fichero_de_entrada_depurado.TXT' lrecl=1 recfm=F;
    input char $char1.;
    if rank(char) = 13 /* SI ES WINDOWS PONER EL 13 */ then char = " ";
    put char $char1.;
run;

Recomiendo no sobrescribir el fichero de texto y crear otro “depurado”. Tendréis este problema cuando vuestro programa SAS os lea menos observaciones de las esperadas. Esto suele pasar cuando trabajamos con archivos de distintos sistemas operativos; como por ejemplo cuando leemos un archivo de texto Unix con una máquina Windows. Saludos.