Tablas elegantes en #rstats y formattable

Las salidas de la consola de R para muchos de nosotros son más que suficientes. Además, en mi caso particular, prefiero poner las cosas más elegantes en otras herramientas como Excel, Qlik Sense o Tableau. Pero me he dado cuenta de que hay una librería que sí uso cuando directamente copio y pego salidas de R en correos, presentaciones o si empleo markdown (rara vez); esta librería es formattable. Es posible que haya mejores librerías, pero ésta es la que yo uso desde hace un par de años.

Vamos a ilustrar algunos ejemplos de uso con un código ya conocido: extraemos la información de casos de COVID de Datadista y vamos a poner una tabla con la evolución de casos, UCI, altas y fallecimientos para el mes de octubre de 2020:

library(tidyverse)
library(formattable)
library(lubridate)

# Importación de datos
data <- read.csv("https://raw.githubusercontent.com/datadista/datasets/master/COVID%2019/nacional_covid19.csv",
                 check.names = FALSE)

colnames(data)[1] <- 'fecha'

# Preparación de datos
data$Fecha <- as.Date(data$fecha, "%Y-%m-%d")
data$`Casos nuevos` <- c(NA, diff(data$casos_pcr))
data$`Altas nuevas` <- c(NA, diff(data$altas))
data$`Fallecimientos nuevos` <- c(NA, diff(data$fallecimientos))
data$`UCI nuevas` <- c(NA, diff(data$ingresos_uci))

data_filtered <- data %>%
  filter(month(Fecha) == 10 & `Casos nuevos` > 0) %>%
  select(Fecha, `Casos nuevos`, `Altas nuevas`, `Fallecimientos nuevos`, `UCI nuevas`)

# Formato básico
formattable(data_filtered)

Y si queremos el HTML:

format_table(data_filtered)

Copiando y pegando podemos incrustar en HTML.

El elemento que más uso cuando hago este tipo de tablas es la inclusión de una barra de color. Esto se hace incluyendo una lista con las características columna a columna; en este caso, la columna Altas nuevas sólo tiene valores perdidos, también la podemos eliminar del reporte:

formattable(data_filtered, digits = 2, align = c("r"),
            list(`Casos nuevos` = color_bar('red'),
                 `Altas nuevas` = FALSE,
                 `Fallecimientos nuevos` = color_bar('red'),
                 `UCI nuevas` = color_bar('red')))

Algo que queda muy elegante son las celdas con flechas y colores en el caso de mejorar o empeorar los datos. En ese caso, recomiendo crear un formato personalizado; imaginemos que calculamos el número de casos de COVID por día y si supone un incremento o un decremento:

data$`Incremento de casos` <- c(NA, diff(data$`Casos nuevos`))
data_filtered_inc <- data %>%
  filter(month(Fecha) == 10 & `Casos nuevos` > 0) %>%
  select(Fecha, `Casos nuevos`, `Incremento de casos`)

reduccion_formato <- formatter("span",
  style = x ~ style(font.weight = "bold",
                    color = ifelse(x < 0, 'green', ifelse(x > 0, 'red', "black"))),
  x ~ icontext(ifelse(x < 0, "arrow-down", "arrow-up"), x))

formattable(data_filtered_inc, align = c("r"),
            list(`Casos nuevos` = color_bar('red'),
                 `Incremento de casos` = reduccion_formato))

Para el ejemplo solo sacamos casos diarios e incrementos; en el caso de que se produzca una reducción pondremos una flecha hacia abajo y el color verde como algo positivo. Si se produce un incremento de casos, pondremos una flecha roja hacia arriba.

Estaréis pensando: vaya “castaña” de datos que ha seleccionado para ilustrar los ejemplos; no tienen sentido los fines de semana, no son diarios… En este caso sólo se está ilustrando un ejemplo de uso; imaginad que hay que pilotar una pandemia con esta información. Saludos.